Nie możesz zmodyfikować plików / katalogów mimo odpowiednich uprawnień? Prawdopodobnie dany obiekt ma ustawioną flagę immutable. Możesz ją usunąć za pomocą:

chattr -i <katalog/plik>

oraz dodać za pomocą:

chattr +i <katalogplik>

Flagę immutable może ustawiać tylko root lub proces z odpowiednimi uprawnieniami.